Teaching·Past course
Membranes and statistical physics
Lectures on the statistical physics of biological membranes, from static and active fluctuations to the thermodynamics of chemical reactions and the error–dissipation trade-off.
Master Physique-Biologie, Université Paris-Diderot · 2016 – 2019 · in French
Cours 2018 – 2019
- Cours 1
Introduction aux membranes lipidiques
Revue sur les membranes biologiques (Seifert, 1997). Aspects mathématiques : W. Appel, Mathematics for physics and physicists, Princeton University Press. Aspects physiques : N. Goldenfeld, Lectures on phase transitions and the renormalization group.
- Cours 2
Tension de surface d'une interface et d'une membrane
S. A. Safran, Statistical thermodynamics of surfaces, interfaces and membranes, Addison-Wesley.
- Cours 3
Fluctuations statiques des membranes
Technique d'aspiration des membranes biologiques (Ipsen, 2004).
- Cours 4
Aspects dynamiques des membranes lipidiques, membranes actives
Modèle de Prost-Bruinsma des membranes actives (1996) ; fluctuations actives des globules rouges (2016) ; revue sur la matière molle active (Marchetti, 2013) ; revue sur les membranes actives (2017) ; mobilité des protéines membranaires (2014), avec la présentation et la vidéo.
- Cours 5
Thermodynamique des réactions chimiques
D. Kondepudi et I. Prigogine, Modern thermodynamics, Wiley ; L. Peliti, Statistical physics in a nutshell, Princeton University Press ; T. Hill, Free energy transduction and biochemical cycle kinetics, Springer.
- Cours 6
Compromis erreur-dissipation
Article de Ninio sur le proofreading (1975) et article de Barato et Seifert (2015).
- Cours 7
Révisions et examen
Cours 2016 – 2018
- Cours 1
Fluctuations statiques des membranes biologiques
Revue sur les membranes biologiques (Seifert, 1997) ; technique d'aspiration des membranes (Ipsen, 2004).
- Cours 2
Fluctuations dynamiques des membranes biologiques
Modèle de Prost-Bruinsma des membranes actives (1996) ; hydrodynamique de la matière molle active (2013).
- Cours 3
Thermodynamique des processus irréversibles
D. Kondepudi et I. Prigogine, Modern thermodynamics, Wiley ; L. Peliti, Statistical physics in a nutshell, Princeton University Press.
- Cours 4
Thermodynamique stochastique
Article de Ritort dans Physics Today et revue de Seifert (2012).
- Cours 5
Compromis erreur-dissipation
Article de Ninio sur le proofreading (1975) et article de Barato et Seifert (2015).
- Cours 6
Régulation de la taille des bactéries et mobilité des protéines membranaires
Article d'A. Amir (2014) et article sur la mobilité des protéines membranaires (2014).
- Cours 7
Universalité du régime de croissance stochastique exponentielle
Article théorique et article expérimental (Iyer-Biswas et al., 2014).